20世纪20年代，随著甲骨文在河南安阳的大量出土，殷商的历史逐渐被发掘出来。然而殷墟只是中国商代后期的都城，商王朝前期三百年间的都城设在哪里里，一直是一个谜。
1955年，一片商代陶片在郑州被考古专家发现，从此，一座远古都市神秘的面纱被掀开了。经过近五十年的考古挖掘，已探明这座都城的面积广达25平方公里，由宫城、内城与外城郭组成，城内发现多处宫殿基址、祭祀遗址、手工作坊遗址与大量的青铜器、玉器等精美文物以及刻字牛骨、龟骨。其规模和内容比安阳殷墟更早、范围也更大。
这里是商代第一个国都亳都？还是中期的都城？中国学术界这两种观点曾经过长期的碰撞。随著考古发掘和学术研究的深入，目前基本上形成了共识。尤其是经过夏商周工程专家组运用碳十四测年与综合研究，断定这里就是商王朝缔造者汤所建的第一个国都。郑州古商都的确立，不仅把中国古都的历史，也把中华民族有史科可查的历史，向前推进了三百年。
考古专家认为，郑州商城作为商代早期建立的一座都城，至今已有三千六百年的历史，其建筑规模之大，规划布局之严整，文化内涵之丰富，堪称当时世界之最。郑州商城作为商代早期政治、经济、军事、文化的中心，是中国古都发展史上一个不可替代的里程碑，在探索夏、商、周三代文明起源中具有承上启下的重要作用。以商都为代表的郑州地区发现的西山、新砦、古城寨、大师姑等一批古代城址，以及春秋战国时期的郐国、虢国、郑国、韩国等诸侯国也曾先后定都于此，都表明郑州所在地域存在一个庞大的古都群落，进一步确立了郑州在中国古都发展史上的重要地位。
据了解，从上个世纪八十年代末九十年代初开始，郑州市开始对商城遗址进行切实有效的保护，先后综合整治了商城路两侧、东大街两侧、东南城角、南城墙东段的商城城墙。
2003年，郑州商城遗址保护所对商城遗址墙体进行了修补，为了防止雨水的冲刷，还在约有四百米的城墙上修了一些护坡工程，在墙体上贴一些方格状钢筋水泥砖，在砖上附上土，然后再种草。此后清华大学就开始接手设计商城遗址的保护规划方案。
2004年，郑州市投资五亿元用于商城遗址的保护整治。
郑州市有关官员表示，在今后古都的保护中，郑州市将继续严格按照文物保护法及城市规划对古都保护的有关规定，在建设专案规划、审批方面把关，今后商城城墙保护范围及城内重要遗址范围内将遵循只拆不建的原则，以确保对古都的保护，并争取及早申报世界文化遗产。